帝钦定，载入祖制，若今擅改，是欺先帝，乱国本！”王振怒，将其下狱。消息传出，国子监五百学子联名上书，愿与李同罪；詹事府旧僚集体称病罢讲；连宫中太监也有十余人匿名递折，称“陈公在日，教太子以忠直，今若囚其门生，恐伤圣德”。
最终，英宗年幼，太皇太后张氏主政，出面干预，保下李时勉，史书得以保全。
而那位曾在午门外献绣帕的老妪，归乡后寿至百岁，临终前召族人围榻，口述一段往事：当年王婉儿流徙途中，曾在一破庙避雨，遇一垂死老僧。老僧知其身份，竟从怀中取出半卷残经，泣道：“此乃建文帝离宫前亲授贫僧之物，嘱我若遇王家血脉，务必转交……可惜贫僧无力护持，只能藏于梁上三年，今终得见。”王婉儿接过，见是《大般若经》一页，背面有建文帝亲笔小楷：“天地有正气，杂然赋流形。下则为河岳，上则为日星。”她焚香拜受，藏于贴身衣襟，直至去世。
此事无人知晓，直至老妪临终吐露，其孙寻至破庙遗址，掘地三尺，果于腐木之中得一铁匣，内藏经页残片，字迹尚存。后献于杭州陈家旧庐改建之“贞宪书院”，成为镇院之宝。
陈砚舟归隐后所建书院，十年间培养弟子逾千人，其中登科入仕者六十三人，皆以“持正不阿”著称。每逢清明，书院必停课一日，全体师生步行二十里，赴西湖畔陈墓祭扫。祭礼无繁文缛节，唯每人诵读一段《建文纪要》，或背一首建文旧臣遗诗，或讲述一位无名忠魂的故事。有学生问：“先生为何不让我们读您的传记？”山长答：“他一生不愿为自己立传，只愿别人记住该被记住的人。你们若真敬他，就去记住那些名字。”
嘉靖年间，朝廷重议“靖难”定性，有大学士上疏称“成祖顺天应人，建文失德亡国”，建议将《建文朝纪要》降格为“野史”。诏书未发，江南十府士子哗然。苏州府学带头罢课，学子集于文庙，焚毁所有官方颁行教材，高呼：“宁读禁书，不听谎言！”松江、常州、镇江相继响应，街头出现匿名榜文，题曰《为陈公一哭》，历数三十八年来正气如何艰难复苏，痛斥“今人欲以权力再杀一次死者”。
朝中老臣杨溥之孙杨继盛时任刑科给事中，挺身而出，在殿前朗读陈砚舟日记残篇：“他们或许失败了，但他们的骨头，撑起了这个民族的尊严。”读后泣不成声：“昔者陈公冒死复史，今我辈岂能坐视其功尽毁？若今日删《纪要》，明日便可删《春秋》；若今日可污忠良，他日便可指鹿为马！”
舆论汹涌，嘉靖帝终收回成命，反下旨褒奖陈砚舟“存亡继绝，功在社稷”，赐其后裔世袭翰林院待
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